W latach 1992-2019 pracownik naukowo-badawczy Instytutu Logistyki Magazynowania. W latach 1997 – 2019 pełnił tam funkcję zastępcy dyrektora ds. badań. Wieloletni (2001 – 2022) wykładowca Wyższej Szkoły Logistyki w Poznaniu. Specjalizuje się w zagadnieniach modelowania, symulacji oraz optymalizacji procesów związanych z gospodarką zapasami.
Stanisław Krzyżaniak jest współautorem dwóch książek i autorem oraz współautorem trzech podręczników z zakresu logistyki i zarządzania zapasami, a także wielu naukowych i popularyzatorskich publikacji z zakresu logistyki – łącznie opublikował ponad 60 pozycji w czasopismach i materiałach konferencyjnych. Był prelegentem podczas kilkudziesięciu konferencji krajowych i zagranicznych, prowadził gościnne wykłady z zakresu gospodarki zapasami w ramach studiów podyplomowych m.in. na Uniwersytecie Ekonomicznym w Poznaniu, Uniwersytecie Gdańskim, Szkole Głównej Handlowej, Technische Universität Wildau i w Międzynarodowym Centrum Treningu Logistycznego w Moskwie (Wyższa Szkoła Ekonomiczna – Uniwersytet Państwowy).
Jest członkiem Zarządu Polskiego Towarzystwa Logistycznego będąc w latach 1998 – 2021 członkiem zarządu tej organizacji. W latach 1998 – 2010 reprezentował PTL we władzach Europejskiego Stowarzyszenia Logistycznego (ELA). W latach 2000 – 2010 i 2011 – 2019 należał do Europejskiej Rady ds. Certyfikacji w Logistyce (ECBL) i był członkiem Zarządu tej organizacji (w latach 2005 – 2010 w roli Przewodniczącego). Był współorganizatorem stworzonego w 2000 roku Europejskiego Systemu Certyfikacji Logistyków w Polsce.